- 130
- 2023/04/30 - 09:58
- 21 بازدید
1-در نرمافزار PRISM پیشبینی واکنش پروتئینها بر چه اساسی است؟ (دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94) 1) Sequence Homology 2) Gene Co-expression 3) Phylogenetic Profiles 4) Structural similarity and evolutionary conservation 2-امروزه پیشبینی ساختمان دوم پروتئینها عمدتاً براساس چه روشی است؟ (دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94) 1) روشهای مبتنی بر Ab-initio 2) روشهای مبتنی بر هومولوژی 3) پیشبینی با شبکههای نورال (Neural) 4) روشهای ترکیبی 3-در پیشبینی ساختمان RNA توجه بیشتر بر روی کدامیک از انواع[…]
1-در نرمافزار PRISM پیشبینی واکنش پروتئینها بر چه اساسی است؟
(دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94)
1) Sequence Homology
2) Gene Co-expression
3) Phylogenetic Profiles
4) Structural similarity and evolutionary conservation
2-امروزه پیشبینی ساختمان دوم پروتئینها عمدتاً براساس چه روشی است؟
(دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94)
1) روشهای مبتنی بر Ab-initio
2) روشهای مبتنی بر هومولوژی
3) پیشبینی با شبکههای نورال (Neural)
4) روشهای ترکیبی
3-در پیشبینی ساختمان RNA توجه بیشتر بر روی کدامیک از انواع ساختمانهای RNA متمرکز شده است؟
(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)
1) ساختمان اول (توالی بازها) 2) ساختمان دوم (ساختمانهای منظم جفتبازی)
3) ساختمان سوم (ساختمان سه بعدی) 4) موارد ب و ج
4-به منظور پیشبینی ساختمان سه بعدی یک پروتئین با استفاده از Homology Modeling بعد از انتخاب الگو، انجام کدام روش ضروری است؟
(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)
1) ایجاد مدل اسکلت 2) محاسبه انرژی آزاد
3) مقایسه توالیها 4) طراحی Loop Modeling
5-به منظور پیشبینی ساختمان سوم پروتئین اگر در بانکهای اطلاعاتی هیچ ساختمان پروتئینی مشابهی وجود نداشته باشد روش پیشنهادی عبارت خواهد بود از:
(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)
1) Profile Method
2) Homology Modeling
3) Threading
4) ab initio
Q3-6 به عنوان رایجترین معیار مورد استفاده برای تخمین صحت پیشبینی کدام نوع از انواع ساختمانهای پروتئین به کار میرود؟
(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)
1) ساختمان سوم 2) ساختمان اول
3) ساختمان دوم 4) تغییرات ساختمانی در طی واکنشهای بین پروتئین
7-در مقایسه ساختمان پروتئینها: (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)
1) حتی بدون تشابه توالی هم میتوانند ساختمان مشترکی داشته باشند.
2) رویکرد مقایسهای برای یافتن هومولوگهای دورتر پروتئینها اهمیتی ندارد.
3) طبقهبندی صرفا با عنایت به توالی آنها تعیین و مقایسه ساختمانی نقشی ندارد.
4) رویکرد مقایسهای برای یافتن هومولوگهای نزدیکتر اهمیتی ندارد.
92-سوالات فصل هشتم
8-کدامیک از معیارهای زیر عمدتا توسط نرم افزارهای بیوانفورماتیکی جهت پیش بینی ساختارهای دوم RNA استفاده می شود؟
(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)
1) ترکیب نوکلئوتیدی آنها 2) انباشتگی جفت بازها
3) واکنش با پروتئین ها 4) میزان سطح انرژی
9-به منظور بررسی بیوانفورماتیکی ساختار ثانویه در یک مولکول RNA با توالی کوتاه کدام روش مناسب تر است؟
(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)
1) ماتریس های نقطه ای
2) روش های برنامه ریزی شده دینامیک
3) روش ab initio
4) موارد 2 و 3
10-طبقه بندی ساختاری پروتئینها عموما بر پایه کدام ویژگی آنهاست؟
(کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)
1) رابطه تکاملی 2) توالی اسیدهای آمینه
3) محتوای ساختار دوم و آرایش آن 4) محتوای زیر واحدها و آرایش آنها
11-رشته پپتیدی به طول 16 آمینو اسید داریم. شبیهترین ساختار موجود 60% شباهت با توالی هدف ما دارد. کدام روش میتوان برای پیشگویی ساختار پپتید مورد استفاده کرد؟
(کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)
1) Ab initio
2) Fold recognition
3) Homology modeling
4) Threading
12-پیوندهای هیدروژنی در مارپیچ آلفا: (کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)
1) تقریبا عمود بر محور مارپیچ هستند.
2) تقریبا موازی با محور مارپیچ هستند.
3) فقط بین بعضی از آمینواسیدهای، مارپیچ رخ میدهد.
4) فقط در انتهای آمینی و کربوکسیلی مارپیچ رخ میدهد.
13-طبقه بندی ساختار پروتئینها در ابتدا بر اساس کدام ویژگی است؟
(کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)
1) توالی آمینواسیدها 2) رابطه تکاملی
3) تعداد و آرایش زیرواحدها 4) محتوی و آرایش ساختار دوم
14-کدام بانک اطلاعاتی فاقد توالیهایی است که از ساختار سه بعدی ضبط شده در بانک اطلاعاتی پروتئین به دست آمده است؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)
1)Month
2) nr
3) Pat
4)PDB
15-کاربرد کدامیک تنظیم ساختار پروتئین به صورت سه بعدی است؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)
1) DALI
2)OSP
3)PIPMAKER
4) CPG
16-کدامیک بیانگر SCOP میباشد؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)
1) پایگاه دادههای مدل سازی مولکولی 2) پایگاه دادههای شیمیایی مربوط به واکنش آنزیمها
3) خزانه اولیه توالیهای نوکلئوتیدی 4) سیستم طبقهبندی ساختار پروتئینها
17-کاربرد PSIPRED چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)
1) مدلسازی دادههای تکامل ژنتیکی 2) ارائه دقیق ساختار دوم پروتئین
3) ابزار آنالیز دادههای پروتئینی 4)نرم افزار پیشگویی کار RNA
18-کاربرد کدامیک پیشبینی ساختار دوم بهینه RNA از لحاظ سطح انرژی است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)
1)Mfold
2)BioMart
3)ALN
4)W3C
19-کدامیک بیانگر کاربرد PDB به عنوان یک بانک اطلاعاتی است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)
1) توالیهای پروتئینی از نمونههای محیطی را دربردارد.
2) حاوی توالیهای پروتئین با ساختار سه بعدی است
3) توالیهای پروتئینی از پروژه توالی NCBI را شامل میشود
4) حاوی مشخصات پروتئینهایی از بخش ثبت شده GenBank است.
93-پیشگویی ساختار RNA و پروتئین و بانکهای ساختار دوم و سوم
20-کاربرد Mfold چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)
1) انطباق توالی درست برای ایجاد درخت تکامل ژنتیکی صحیح
2) مدلسازی دادههای تکامل ژنتیکی
3) فراهم کردن امکان پیش بینی ساختار دوم بهینه RNA از لحاظ سطح انرژی
4) مشخص کردن نزدیکترین خویشاوندان موجود موردنظر
21-کدامیک به عنوان نرمافزار جستجوی الگوهای RNA است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)
1)Pat Scan
2)tRNA Scan
3)IMG
4)CASP
22-کدامیک به منظور ارائه دقیق ساختار دوم پروتئین کاربرد دارد؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)
1)FASTA
2)EVA
3)META
4)PSIPRED
23-کاربرد نرمافزار GCG چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)
1) پیشگویی کار پروتئینها 2) آنالیز دادههای مربوط به RNA
3) طبقه بندی ساختاری پروتئینها 4) آنالیز جامع ژنومهای میکروبی
24-کدامیک به عنوان بسته نرم افزاری منبع باز است که به قصد پیشگویی کار پروتئینها کاربرد دارد؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)
1)Cn3D
2) PEPINEo
3) EMBOSS
4) Swiss Port
25-کدام توضیح کاربرد Rfam را مشخص میکند؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)
1) یک سیستم طبقهبندی ژنهای RNA میباشد
2) ابزاری برای آنالیز دادههای مربوط به RNA است
3) نرمافزاری جهت پیشگویی کا RNA است
4) سایتی برای جستجوی ژنهای RNA است
26-کدام پایگاه دادهها، حاوی توالیهای پروتئین با ساختار سه بعدی است؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)
1)PDB
2)Pat
3)Refseq
4)PRF
27-کدامیک بیانگر یکی از نرمافزارهای رایج و مهمی است که به منظور پیشگویی کار پروتئینها استفاده میشود؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)
1)JASPAR
2)GCG
3)TRANSFAC
4)ClusTALW
28-کدام سیستم بیانگر طبقهبندی ساختاری پروتئینهاست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)
1)SCOP
2)CASP
3)PDB
4)RCSB
29-کدامیک محتوای بانک اطلاعاتی Pat است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)
1) پروتئینهایی از بخش ثبت شده Gen Bank
2) ساختار سه بعدی پروتئینها
3) توالیهای پروتئینی
4) ترجمه CDS غیرتکراری
30-کدامیک جزء اطلاعات موجود در PBD نیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)
1) اطلاعات فانکشنال 2) استنادات
3) اطلاعات ساختاری 4) دادههای NMR
31-کدام جمله صحیح است؟ (سوالات آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 89-88)
1) ساختمان پلهای DNA بخاطر بازهای گوانین و پیریمیدین است.
2) هر چرخش کامل ساختمان مارپیچی DNA شامل 20 جفت باز است
3) دیامتر double helix در DNA، 2nm است
4) سه پیوند هیدروژنی بین T,A و دو پیوند هیدروژنی بین G,C وجود دارد.
94-سوالات فصل هشتم
32-روشی که بیشترین سهم را در گسترش تعداد رکوردهای ذخیره شده در پایگاه داده PDB داشته باشد، چیست؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
1) رزونانس مغناطیسی هسته (NMR)
2) میکروسکوپ الکترونی (Electron Microscopy)
3) کریستالوگرافی اشعه X
4) اسپکترومتری جرمی (Mass Spectrometry)
33-مهمترین اجزای تشکیل دهنده ساختمان و پروتئینها کدام گزینه است؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
1) مارپیچها، رشتهها و حلقهها (لوپها) 2) اتمهای N,O,H,C و گوگرد
3) دومینها (Domains) 4) ردیف اسیدهای آمینه
34-کدام اسید آمینه بیشترین تمایل را به ایجاد پیوندهای «دی سولفید» دارد؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
1) متییونین 2) پرولین 3) آرژنین 4) سیستئین
35-مهمترین کاربرد ابزار DSSP کدام گزینه است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
1) پیشگوئی ساختمان دوم پروتئین 2) تعیین ساختمان دوم پروتئین
3) تعیین ساختمان سوم پروتئین 4) پیشگوئی ساختمان سوم پروتئین
36-زاویه با محوریت کدام پیوند اندازهگیری میشود؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
37-نام دیگر مارپیچ آلفا ( )چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
38-کدام ساختار از پایداری بیشتری برخوردار است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
1) صفحه – ناهمسو (Anti parallel -Sheet2 )
2) صفحه – موازی (همسو) (Parallel -Sheet)
3) صفحه- مختلط (Mixed –Sheet)
4) پیچههای ضخیم (Coil)
39-موقعیت کدام اتم معمولا در فایل PDB درج نمیشود؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
1) اکسیژن 2) نتیروژن 3) هیدروژن 4) کربن
40-در صورت مشابه بودن نسبی پروتئین موردنظر با یک پروتئین شناخته شده، کدام اقدام برای شناسایی آن مناسبتر است؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
1) Tertiary Structure Prediction
2) Homology Modeling
3) Sequence Alignment
4) Secondary Structure Predicition
41-کدامیک از پایگاههای ذیل همان پایگاه دادههای پروتئینی نوع دوم است؟
(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)
1) Pattern Databases
2) Composite Sequence Databases
3)Copmosite Pattern Databases
4)Structure Databases
42-در پیشبینی ساختمان سوم پروتئین Free modeling techniques اشاره به کدامیک از روشهای ذیل دارد؟
(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)
1) Comparative
2) Threading, Fold recognition
3) ab initio technique
4) Loop modeling
Hydropathy plots-43 معمولاً برای پیشبینی کدامیک از ساختارهای پروتئینی استفاده میشود؟
(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)
1) domainهای غشای سلولی
2) ساختمان دوم Beta
3) ساختمان دوم Alfa
4) ساختمان سوم
95-پیشگویی ساختار RNA و پروتئین و بانکهای ساختار دوم و سوم
ITUP-44 در دیتابیس PDB چیست؟ (دکتری تخصصی (D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)
1) Quality of R
2) Progression number
3) R Type number
4) Accession number
45-دیتابیس پروتئینی حاوی ساختارهای سهبعدی کدام است؟
(دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانهای سال 96-95)
1) Expasy
2) NCBI
3) PDB
4) BRENDA
46-ساختارهای میوگلوبین انسان، هموگلوبین انسان و بتاگلوبین انسان …… .
(دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانهای سال 96-95)
1) دارای ساختار سوم مشابه و سکانس مشابه هستند.
2) دارای ساختار سوم مشابه و سکانس نامشابه هستند.
3) دارای ساختار سوم نامشابه و سکانس نامشابه هستند.
4) دارای ساختار و سکانس مساوی هستند.
47-کدام اسیدآمینهها دارای کمترین حضور در مجموعه پروتئینها میباشد؟
(دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانهای سال 96-95)
1) A, E, T
2) D, F, N
3) L, K, H
4) W, C, M
48-قابلیت موتاسیونپذیری (Mutability) کدامیک از اسیدهای آمینه بیشتر است؟
(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانهای سال 96-95)
1) V
2) H
3) C
4) N
49-تشابه ساختار سهبعدی دو پروتئین با کدام معیار زیر سنجیده میشود؟
(دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانهای سال 96-95)
1) Q-value
2) RMSD
3) E- value
4) R-value
50-دو پروتئین A و B دارای 80% تشابه در توالی میباشند. کدام مورد زیر صحیح است؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانهای سال 97-96)
1) این دو توالی دارای عملکرد یکسان هستند.
2) این دو توالی تولید ساختار فضایی مشابه مینمایند.
3) این دو توالی دارای عملکرد و ساختار یکسان هستند.
4) این دو توالی را میتوان در یک سلول یافت.
51-کدامیک در مورد پیشگویی ساختار دوم پروتئین صحیح است؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانهای سال 97-96)
1) اسیدهای آمینه با زنجیر جانبی هیدروفوب بیشترین امتیاز را دارند.
2) الگوریتمهای اولیه برای پیشگویی دارای صحت بیشتر از 60% بودند.
3) صرفاً با مطالعه آماری اسیدهای آمینه شرکت کننده در ساختار دوم میتوان به الگوریتمی با صحت بالای 80% رسید.
4) بررسی آماری شرکت اسیدهای آمینه در ساختار دوم به همراه بررسی اثر اسیدهای آمینه مجاور به تولید الگوریتمهایی با صحت بالاتر منجر میشود.
52-دقیقترین روش تعیین ساختار سوم یک پروتئین کدام است؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانهای سال 97-96)
1) مدلسازی همولوژی homology Modeling
2) کریستالوگرافی X-ray
3) مدلسازی کامپیوتری و NMR
4) همترازی چندگانه توالیها
53-آیا استفاده از روشهای بیوانفورماتیک جهت دستیابی به آنزیمهای برتر (پایدارتر و یا فعالتر) امکانپذیر است؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانهای سال 97-96)
1) خیر- با وجود روش آزمایشگاهی، کاربرد روشهای بیوانفورماتیک معنا ندارد.
2) بلی- با ایجاد موتاسیونهای تصادفی و سپس بررسی تاخوردگی
3) خیر- روش بیوانفورماتیکی قابلیت پیشگویی پایداری و یا فعالیت را ندارند.
4) بلی- روشهای متعدد بیوانفورماتیکی مانند بررسی اتصال به سوبسترا جهت بررسی فعالیت و یا پایداری موجود است.
54-کدام اسیدآمینه دارای کمترین درصد حضور در پروتئینها ولی دارای مشارکت در جایگاه فعال آنزیمی میباشد؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانهای سال 97-96)
1) لیزین 2) هیستیدین 3) تریپتوفان 4) آرژینین
96-سوالات فصل هشتم
55-جهت تعیین ساختار سوم توالیهای پروتئین که فاقد فایل PDB بوده و هیچگونه ساختار مربوط به توالی مشابه آن موجود نیست. از چه روشی استفاده میکنیم؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانهای سال 97-96)
1) مدلسازی همولوژی homology modeling
2) مدلسازی GOR
3) مدلسازی Ab initio
4) BLAST
56-فراوانترین اسیدهای آمینه موجود در طبیعت از کدام گروه است؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانهای سال 97-96)
1) با بار مثبت (کاتیونی) 2) با بار منفی (آنیونی)
3) هیدروفوب (nonpolar) 4) قطبی
57-دو پروتئین A و B با روش همولوژی مودلینگ پیشگویی ساختار شدند و سپس شیبهسازی دینامیک مولکولی برای آنها انجام شده است. نمودار زیر آنالیز RMSD را برای این دو پروتئین نشان میدهد. کدام گزینه در این خصوص صحیح است؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیستفناوری میکروبی سال 97-96)
1) پروتئین A از B پایدارتر است.
2) پروتئین B از A انعطافپذیرتر است.
3) طول پروتئین A از B کمتر است.
4) میزان شباهت الگو و توالی پروتئین A بیشتر از پروتئین B و الگوی آن است.
97-پیشگویی ساختار RNA و پروتئین و بانکهای ساختار دوم و سوم
58-ساختار سه بعدی سه پروتئین A، B و C و همچنین سه نقشه راماچندران در شکل نشان داده شده است مشخص کنید کدام پروتئین مربوط به کدام نقشه میشود؟
(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیستفناوری میکروبی سال 97-96)
98-سوالات فصل هشتم
پاسخ | سوالات | پاسخ | سوالات | |
1 | 30. | 4 | 1. | |
3 | 31. | 3 | 2. | |
3 | 32. | 2 | 3. | |
1 | 33. | 3 | 4. | |
4 | 34. | 4 | 5. | |
2 | 35. | 3 | 6. | |
4 | 36. | 1 | 7. | |
2 | 37. | 4 | 8. | |
1 | 38. | 1 | 9. | |
3 | 39. | 3 | 10. | |
2 | 40. | 1 | 11. | |
1 | 41. | 2 | 12. | |
3 | 42. | 4 | 13. | |
1 | 43. | 3 | 14. | |
4 | 44. | 1 | 15. | |
3 | 45. | 4 | 16. | |
2 | 46. | 2 | 17. | |
4 | 47. | 1 | 18. | |
4 | 48. | 2 | 19. | |
2 | 49. | 3 | 20. | |
2 | 50. | 1 | 21. | |
4 | 51. | 4 | 22. | |
2 | 52. | 1 | 23. | |
4 | 53. | 3 | 24. | |
3 | 54. | 4 | 25. | |
3 | 55. | 1 | 26. | |
3 | 56. | 2 | 27. | |
4 | 57. | 1 | 28. | |
2 | 58. | 3 | 29. |