کتاب تست بیوانفورماتیک iqb

سوالات فصل هشتم-پیشگویی ساختار RNA و پروتئین و بانک‌های ساختار دوم و سوم

1-در نرم‌افزار PRISM پیش‌بینی واکنش پروتئین‌ها بر چه اساسی است؟ (دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94) 1) Sequence Homology 2) Gene Co-expression 3) Phylogenetic Profiles 4) Structural similarity and evolutionary conservation 2-امروزه پیش‌بینی ساختمان دوم پروتئین‌ها عمدتاً براساس چه روشی است؟ (دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94) 1) روش‌های مبتنی بر Ab-initio 2) روش‌های مبتنی بر هومولوژی 3) پیش‌بینی با شبکه‌های نورال (Neural) 4) روش‌های ترکیبی 3-در پیش‌بینی ساختمان RNA توجه بیش‌تر بر روی کدام‌یک از انواع[…]

1-در نرم‌افزار PRISM پیش‌بینی واکنش پروتئین‌ها بر چه اساسی است؟

(دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94)

1) Sequence Homology

2) Gene Co-expression

3) Phylogenetic Profiles

4) Structural similarity and evolutionary conservation

2-امروزه پیش‌بینی ساختمان دوم پروتئین‌ها عمدتاً براساس چه روشی است؟

(دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94)

1) روش‌های مبتنی بر Ab-initio

2) روش‌های مبتنی بر هومولوژی

3) پیش‌بینی با شبکه‌های نورال (Neural)

4) روش‌های ترکیبی

3-در پیش‌بینی ساختمان RNA توجه بیش‌تر بر روی کدام‌یک از انواع ساختمان‌های RNA متمرکز شده است؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) ساختمان اول (توالی بازها) 2) ساختمان دوم (ساختمان‌های منظم جفت‌بازی)

3) ساختمان سوم (ساختمان سه بعدی) 4) موارد ب و ج

4-به منظور پیش‌بینی ساختمان سه بعدی یک پروتئین با استفاده از Homology Modeling بعد از انتخاب الگو، انجام کدام روش ضروری است؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) ایجاد مدل اسکلت 2) محاسبه انرژی آزاد

3) مقایسه توالی‌ها 4) طراحی Loop Modeling

5-به منظور پیش‌بینی ساختمان سوم پروتئین اگر در بانک‌های اطلاعاتی هیچ ساختمان پروتئینی مشابهی وجود نداشته باشد روش پیشنهادی عبارت خواهد بود از:

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) Profile Method

2) Homology Modeling

3) Threading

4) ab initio

Q3-6 به عنوان رایج‌ترین معیار مورد استفاده برای تخمین صحت پیش‌بینی کدام نوع از انواع ساختمان‌های پروتئین به کار می‌رود؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) ساختمان سوم 2) ساختمان اول

3) ساختمان دوم 4) تغییرات ساختمانی در طی واکنش‌های بین پروتئین‌

7-در مقایسه ساختمان پروتئین‌ها: (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) حتی بدون تشابه توالی هم می‌توانند ساختمان مشترکی داشته باشند.

2) رویکرد مقایسه‌ای برای یافتن هومولوگ‌های دورتر پروتئین‌ها اهمیتی ندارد.

3) طبقه‌بندی صرفا با عنایت به توالی‌ آن‌ها تعیین و مقایسه ساختمانی نقشی ندارد.

4) رویکرد مقایسه‌ای برای یافتن هومولوگ‌های نزدیک‌تر اهمیتی ندارد.

92-سوالات فصل هشتم

8-کدام‌یک از معیارهای زیر عمدتا توسط نرم افزارهای بیوانفورماتیکی جهت پیش بینی ساختارهای دوم RNA استفاده می شود؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) ترکیب نوکلئوتیدی آنها 2) انباشتگی جفت بازها

3) واکنش با پروتئین ها 4) میزان سطح انرژی

9-به منظور بررسی بیوانفورماتیکی ساختار ثانویه در یک مولکول RNA با توالی کوتاه کدام روش مناسب تر است؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) ماتریس های نقطه ای

2) روش های برنامه ریزی شده دینامیک

3) روش ab initio

4) موارد 2 و 3

10-طبقه بندی ساختاری پروتئین‌ها عموما بر پایه کدام ویژگی آن‌هاست؟

(کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)

1) رابطه تکاملی 2) توالی اسیدهای آمینه

3) محتوای ساختار دوم و آرایش آن 4) محتوای زیر واحدها و آرایش آن‌ها

11-رشته پپتیدی به طول 16 آمینو اسید داریم. شبیه‌ترین ساختار موجود 60% شباهت با توالی هدف ما دارد. کدام روش می‌توان برای پیشگویی ساختار پپتید مورد استفاده کرد؟

(کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)

1) Ab initio

2) Fold recognition

3) Homology modeling

4) Threading

12-پیوندهای هیدروژنی در مارپیچ آلفا: (کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)

1) تقریبا عمود بر محور مارپیچ هستند.

2) تقریبا موازی با محور مارپیچ هستند.

3) فقط بین بعضی از آمینواسیدهای، مارپیچ رخ می‌دهد.

4) فقط در انتهای آمینی و کربوکسیلی مارپیچ رخ می‌دهد.

13-طبقه بندی ساختار پروتئین‌ها در ابتدا بر اساس کدام ویژگی‌ است؟

(کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)

1) توالی آمینواسیدها 2) رابطه تکاملی

3) تعداد و آرایش زیرواحدها 4) محتوی و آرایش ساختار دوم

14-کدام بانک اطلاعاتی فاقد توالی‌هایی است که از ساختار سه بعدی ضبط شده در بانک اطلاعاتی پروتئین به دست آمده است؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1)Month

2) nr

3) Pat

4)PDB

15-کاربرد کدام‌یک تنظیم ساختار پروتئین به صورت سه بعدی است؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1) DALI

2)OSP

3)PIPMAKER

4) CPG

16-کدام‌یک بیانگر SCOP می‌باشد؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1) پایگاه داده‌های مدل سازی مولکولی 2) پایگاه داده‌های شیمیایی مربوط به واکنش آنزیم‌ها

3) خزانه اولیه توالی‌های نوکلئوتیدی 4) سیستم طبقه‌بندی ساختار پروتئین‌ها

17-کاربرد PSIPRED چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1) مدل‌سازی داده‌های تکامل ژنتیکی 2) ارائه دقیق ساختار دوم پروتئین

3) ابزار آنالیز داده‌های پروتئینی 4)نرم افزار پیشگویی کار RNA

18-کاربرد کدام‌یک پیش‌بینی ساختار دوم بهینه RNA از لحاظ سطح انرژی است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1)Mfold

2)BioMart

3)ALN

4)W3C

19-کدام‌یک بیانگر کاربرد PDB به عنوان یک بانک اطلاعاتی است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1) توالی‌های پروتئینی از نمونه‌های محیطی را دربردارد.

2) حاوی توالی‌های پروتئین با ساختار سه بعدی است

3) توالی‌های پروتئینی از پروژه توالی NCBI را شامل می‌شود

4) حاوی مشخصات پروتئین‌هایی از بخش ثبت شده GenBank است.

93-پیشگویی ساختار RNA و پروتئین‌ و بانک‌های ساختار دوم و سوم

20-کاربرد Mfold چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1) انطباق توالی درست برای ایجاد درخت تکامل ژنتیکی صحیح

2) مدل‌سازی داده‌های تکامل ژنتیکی

3) فراهم کردن امکان پیش بینی ساختار دوم بهینه RNA از لحاظ سطح انرژی

4) مشخص کردن نزدیک‌ترین خویشاوندان موجود موردنظر

21-کدام‌یک به عنوان نرم‌افزار جستجوی الگوهای RNA است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1)Pat Scan

2)tRNA Scan

3)IMG

4)CASP

22-کدام‌یک به منظور ارائه دقیق ساختار دوم پروتئین کاربرد دارد؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1)FASTA

2)EVA

3)META

4)PSIPRED

23-کاربرد نرم‌افزار GCG چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1) پیشگویی کار پروتئین‌ها 2) آنالیز داده‌های مربوط به RNA

3) طبقه بندی ساختاری پروتئین‌ها 4) آنالیز جامع ژنوم‌های میکروبی

24-کدام‌یک به عنوان بسته نرم افزاری منبع باز است که به قصد پیشگویی کار پروتئین‌ها کاربرد دارد؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1)Cn3D

2) PEPINEo

3) EMBOSS

4) Swiss Port

25-کدام توضیح کاربرد Rfam را مشخص می‌کند؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1) یک سیستم طبقه‌بندی ژن‌های RNA می‌باشد

2) ابزاری برای آنالیز داده‌های مربوط به RNA است

3) نرم‌افزاری جهت پیشگویی کا RNA است

4) سایتی برای جستجوی ژن‌های RNA است

26-کدام پایگاه داده‌ها، حاوی توالی‌های پروتئین با ساختار سه بعدی است؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)

1)PDB

2)Pat

3)Refseq

4)PRF

27-کدام‌یک بیانگر یکی از نرم‌افزارهای رایج و مهمی است که به منظور پیشگویی کار پروتئین‌ها استفاده می‌شود؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)

1)JASPAR

2)GCG

3)TRANSFAC

4)ClusTALW

28-کدام سیستم بیانگر طبقه‌بندی ساختاری پروتئین‌هاست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)

1)SCOP

2)CASP

3)PDB

4)RCSB

29-کدام‌یک محتوای بانک اطلاعاتی Pat است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)

1) پروتئین‌هایی از بخش ثبت شده Gen Bank

2) ساختار سه بعدی پروتئین‌ها

3) توالی‌های پروتئینی

4) ترجمه CDS غیرتکراری

30-کدام‌یک جزء اطلاعات موجود در PBD نیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 90-89)

1) اطلاعات فانکشنال 2) استنادات

3) اطلاعات ساختاری 4) داده‌های NMR

31-کدام جمله صحیح است؟ (سوالات آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 89-88)

1) ساختمان پله‌ای DNA بخاطر بازهای گوانین و پیریمیدین است.

2) هر چرخش کامل ساختمان مارپیچی DNA شامل 20 جفت باز است

3) دیامتر double helix در DNA، 2nm است

4) سه پیوند هیدروژنی بین T,A و دو پیوند هیدروژنی بین G,C وجود دارد.

94-سوالات فصل هشتم

32-روشی که بیش‌ترین سهم را در گسترش تعداد رکوردهای ذخیره شده در پایگاه داده PDB داشته باشد، چیست؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) رزونانس مغناطیسی هسته (NMR)

2) میکروسکوپ الکترونی (Electron Microscopy)

3) کریستالوگرافی اشعه X

4) اسپکترومتری جرمی (Mass Spectrometry)

33-مهمترین اجزای تشکیل دهنده ساختمان و پروتئین‌ها کدام گزینه است؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) مارپیچ‌ها، رشته‌ها و حلقه‌ها (لوپ‌ها) 2) اتم‌های N,O,H,C و گوگرد

3) دومین‌ها (Domains) 4) ردیف اسیدهای آمینه

34-کدام اسید آمینه بیش‌ترین تمایل را به ایجاد پیوندهای «دی سولفید» دارد؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) متییونین 2) پرولین 3) آرژنین 4) سیستئین

35-مهمترین کاربرد ابزار DSSP کدام گزینه است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) پیشگوئی ساختمان دوم پروتئین 2) تعیین ساختمان دوم پروتئین

3) تعیین ساختمان سوم پروتئین 4) پیشگوئی ساختمان سوم پروتئین

36-زاویه با محوریت کدام پیوند اندازه‌گیری می‌شود؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

37-نام دیگر مارپیچ آلفا ( )چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

38-کدام ساختار از پایداری بیش‌تری برخوردار است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) صفحه – ناهمسو (Anti parallel -Sheet2 )

2) صفحه – موازی (همسو) (Parallel -Sheet)

3) صفحه- مختلط (Mixed –Sheet)

4) پیچه‌های ضخیم (Coil)

39-موقعیت کدام اتم معمولا در فایل PDB درج نمی‌شود؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) اکسیژن 2) نتیروژن 3) هیدروژن 4) کربن

40-در صورت مشابه بودن نسبی پروتئین موردنظر با یک پروتئین شناخته شده، کدام اقدام برای شناسایی آن مناسب‌تر است؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) Tertiary Structure Prediction

2) Homology Modeling

3) Sequence Alignment

4) Secondary Structure Predicition

41-کدام‌یک از پایگاه‌های ذیل همان پایگاه داده‌های پروتئینی نوع دوم است؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) Pattern Databases

2) Composite Sequence Databases

3)Copmosite Pattern Databases

4)Structure Databases

42-در پیش‌بینی ساختمان سوم پروتئین Free modeling techniques اشاره به کدام‌یک از روش‌های ذیل دارد؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)

1) Comparative

2) Threading, Fold recognition

3) ab initio technique

4) Loop modeling

Hydropathy plots-43 معمولاً برای پیش‌بینی کدام‌یک از ساختارهای پروتئینی استفاده می‌شود؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)

1) domainهای غشای سلولی

2) ساختمان دوم Beta

3) ساختمان دوم Alfa

4) ساختمان سوم

95-پیشگویی ساختار RNA و پروتئین‌ و بانک‌های ساختار دوم و سوم

ITUP-44 در دیتابیس PDB چیست؟ (دکتری تخصصی (D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)

1) Quality of R

2) Progression number

3) R Type number

4) Accession number

45-دیتابیس پروتئینی حاوی ساختارهای سه‌بعدی کدام است؟

(دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) Expasy

2) NCBI

3) PDB

4) BRENDA

46-ساختارهای میوگلوبین انسان، هموگلوبین انسان و بتاگلوبین انسان …… .

(دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) دارای ساختار سوم مشابه و سکانس مشابه هستند.

2) دارای ساختار سوم مشابه و سکانس نامشابه هستند.

3) دارای ساختار سوم نامشابه و سکانس نامشابه هستند.

4) دارای ساختار و سکانس مساوی هستند.

47-کدام اسیدآمینه‌ها دارای کم‌ترین حضور در مجموعه پروتئین‌ها می‌باشد؟

(دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) A, E, T

2) D, F, N

3) L, K, H

4) W, C, M

48-قابلیت موتاسیون‌پذیری (Mutability) کدام‌یک از اسیدهای آمینه بیش‌تر است؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) V

2) H

3) C

4) N

49-تشابه ساختار سه‌بعدی دو پروتئین با کدام معیار زیر سنجیده می‌شود؟

(دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) Q-value

2) RMSD

3) E- value

4) R-value

50-دو پروتئین A و B دارای 80% تشابه در توالی می‌باشند. کدام مورد زیر صحیح است؟