BLAST-1 انتخابی برای مقایسه کامل دو ژنوم متعلق به گونه‌های متفاوت: (دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94)

1) BLAST z

2) BLAST x

3) t BLAST n

4) t BLAST x

2-برای مقایسه هم‌ردیفی دو توالی که از لحاظ تکاملی واگرا محسوب می‌شوند، انتخاب کدام ماتریکس مناسب‌تر است؟

(دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94)

1) PAM250

2) PAM90

3) PAM120

4) PAM60

3-کدام‌یک در ماتریس امتیازدهی هم‌ردیفی پروتئین‌ها مدنظر قرار نمی‌گیرد؟ (دکتری تخصصی زیست فناوری پزشکی 95-94)

1) حفاظت                 2) فراوانی                3) ساختمان                4) تکامل

4-در BLAST به منظور یافتن هومولوگ‌ها: (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) توالی‌های پروتئینی نسبت به توالی‌های DNA مزیت دارند.

2) توالی‌های DNA نسبت به توالی‌های پروتئینی مزیت دارند.

3) هر دو توالی ارزش یکسان دارند.

4) بررسی توالی‌ها ارزشی ندارد.

5-تشابه چهل درصدی در دو توالی پروتئینی یعنی: (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) چهل درصد همانندی (Identity)                   2) احتمال داشتن منشا تکاملی مشترک

3) چهل درصد هومولوژی (Homology)             4) چهل درصد ساختمان پروتئینی مشابه

6-کدام‌یک از موارد ذیل به عنوان یک ابزار مقایسه چندتایی توالی‌ها (Multiple Sequence Aligment) محسوب می‌شود؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) Clustal w

2) Chime

3) Dismol

4) PDB

7-حداقل احتمال جور شدن دو توالی غیرمرتبط نوکلئوتیدی یا آمینواسیدی در یک محل معین بدون ایجاد gap به ترتیب عبارت است از: (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) 40% و 10 %                                     2) 5% و 25%

3) 10% و 40%                                       4) 25% و 5%

8-در مقایسه دو توالی به وسیله BLAST وجود مناطق با پیچیدگی کم (LCRs) یا تکرار شونده منجر به:

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) افزایش نمرات مقایسه می‌گردند.                   2) کاهش نمرات مقایسه می‌گردند.

3) عدم تاثیر در نمرات مقایسه می‌گردند.             4) کاهش نمرات تکرار شوندگی می‌گردند.

22-سوالات فصل دوم

9-در مطالعات بیوانفورماتیکی توالی های پروتئینی یا اسیدهای نوکلئیک، ارتباط همولوژی و تشابه کدام است؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) مترادف هستند

2) همولوژی قابل اندازه گیری اما تشابه یک رابطه دوطرفه است

3) همولوژی نشان دهنده یک رابطه دو طرفه اما تشابه قابل اندازه گیری است

4) هر دو مفهومی کیفی دارند

10-در صورتی که هدف از مطالعه ای کشف توالی ژن رمزدهنده یک پروتئین ساده باشد کدامیک از انواع BLAST مورد استفاده قرار می گیرد؟ (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) blastn

2) tblastn

3) blastp

4) blastx

11-در مقایسه یک توای DNA با توالی های مشابه دیگر با حداقل 70% یکسانی کدامیک از گزینه های ذیل ارزش بیشتری برای بررسی دارد؟ (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) یکسانی در بیش از100 باز با ارزش E کمتر از ^3-10

2) یکسانی در بیش از50 باز با ارزش E کمتر از ^3-10

3) یکسانی در بیش از50 باز با ارزش E کمتر از ^4-10

4) یکسانی در بیش از100 باز با ارزش E کمتر از ^4-10

12-به منظور کشف دمین‌های تکراری در مقایسه دوتائی دو توالی پروتئینی کدام یک از روش های ذیل مناسب‌تر است؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) انطباق منطقه ای                                   2) نمودار نقطه ای

3) انطباق های سرتاسری                             4) BLAST

13-بهترین روش برای تائید ارتولوگ بودن دو ژن: (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) BLAST دو طرفه                                 2) نمودار نقطه ای

3) مقایسه دوتایی از طریق انطباق سرتاسری         4) مقایسه دوتایی از طریق انطباق منطقه ای

14-عمل هم‌ردیفی دوتایی (pairwise alignment) برای دو توالی AT-TGG و ATG به چند شکل مختلف ممکن است انجام شود که در تمامی آن‌ها، هم ردیفی حداکثر امتیاز را کسب کند؟ (هر انطباق کامل 1+ و هر عدم انطباق یا شکاف 1- در نظر گرفته می‌شود). (کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)

1) 3                       2) 4                       3) 5                       4) 6

15-برای هم ردیفی به منظور یافتن ارتباط تکاملی آمیلاز انسان با آمیلاز یک گیاه و آمیلاز یک باکتری، ترجیحا از کدام ماتریس‌ها استفاده می‌شود؟ (کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)

1) BLOSUM10

2) BLOSUM 62

3) PAM250

4) PAM 10

16-در ایجاد هم ردیفی (alignment) بین توالی‌ها، با کاهش Gap penalty چه تغییراتی به ترتیب در میزان امتیاز هم ردیفی و تعداد فاصله‌ها (Gap) ایجاد می‌گردد؟ (کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)

1) کاهش- کاهش                                      2) کاهش- افزایش

3) افزایش- کاهش                                     4) افزایش- افزایش

17-کدام خروجی برنامه BLAST تخمین مناسبی از تعداد مثبت‌های کاذب این جستجو را می‌دهد؟

(کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)

1) E-value

2) Bit score

3) Perecent identity

4) Perecent positive

18-در ارتباط با ماتریس‌های هم ردیفی PAM و BlOSUM کدام مورد درست است؟

(کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)

1) ماتریس‌های PAM و BLOSUM بر اساس هم ردیفی محلی تهیه می‌شوند.

2) ماتریس های PAM و BLOSUM بر اساس هم ردیفی سرتاسری تهیه می‌شوند.

3) ماتریس‌های PAM و BLOSUM به ترتیب برای یافتن دامنه‌های پروتئینی و ساخت درخت فیلوژنتیک کاربرد دارند.

4) ماتریس‌های PAM و BLOSUM به ترتیب در ساخت درخت فیلوژنتیک و یافتن دامنه‌های پروتئینی کابرد دارند.

23-هم ردیفی

19-در برنامه‌ هم‌ردیفی BLAST X توالی مورد تقاضا ………… است که در پایگاه توالی‌های …………….. جستجو می‌شود.

(کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)

1) نوکلئوتیدی- نوکلئوتیدی                             2) نوکلئوتیدی- پروتئینی

3) پروتئینی- نوکلئوتیدی                              4) پرئئینی- پروتئینی

20-ماتریس‌های جایگزینی که امروزه بیش‌ترین استفاده را در همردیفی توالی‌های پروتئینی دارند بر چه اساسی ساخته شده‌اند؟

(کنکور دکتری وزارت علوم 93 بیوتکنولوژی میکروبی)

1) فرکانس جایگزینی اسیدهای آمینه در پروتئین‌های همولوگ

2) آبگریزی اسیدهای آمینه در یک مجموعه از پروتئین‌های مشابه شناخته شده

3) اندازه ،شکل و بار اسیدهای آمینه

4) اثر یک جایگزینی بر عملکرد پروتئین

21-اگر هدف، مقایسه دو توالی همولوگ دور باشد، کدام ماتریس PAM یا Blosum برای مقایسه آن‌ها بهتر است؟

(کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)

1) PAM10 یا Blosum 45

2) PAM یا Blosum80

3) PAM250 یا 45 Blosum

4) PAM250 یا Blosum80

22-در برنامه BLAST، معمولا مقادیر E-Value کوچک از یک آستانه مشخصی برای نشان دادن همولوژی در نظر گرفته می‌شود. این آستانه عبارتست از: (کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)

1) حدود 10^{به توان 40-}                   2) حدود 10به توان ^4-                   3) حدود 10 به توان4              4) حدود 10 به توان 40-

23-کدامیک از لحاظ کاربرد مشابه BLAST است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1)FASTA

2)MASON

3)BLOSUM

4)PAM

24-کاربرد کدامیک به عنوان ابزار آنالیز داده‌ها در سایت NCBI است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1)BLAST

2)DALI

3) PRATT

4)CLUSTALW

25-کدام برنامه BLAST در جستجوی شباهت پروتئین – پروتئین از حساسیت بیشتری برخوردار است و برای یافتن پروتئین‌هایی که رابطه بسیار دوری دارند استفاده می‌شود؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1) PHI

2) Blastp

3) PSI

4)RPS

26-در صورت اطلاع از یک الگوی پروتئینی که شبیه به توالی موردنظر شما است از کدام برنامه BLAST استفاده می‌شود؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1) RPS

2)  PHI

3)Blastx

4)Tblastx

27-کاربرد کدامیک شناسایی ژن‌های جدید در توالی‌های مستعد خطاست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1) Blastn

2)Blastx

3) Blastp

4)Tblastx

28-کاربرد taxplot چیست؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1) مقایسه ژنوم‌ها براساس پروتئین‌هایی که این ژنوم‌ها تولید می‌کنند.

2) موتور جستجوی کارامد برای یافتن طیف پپتیدی

3) روش محاسباتی برای تشخیص محل STS ها درون یک توالی DNA

4) مقایسه توالی موردنظر با توالی‌های موجود در پایگاه‌های اطلاعاتی

29-کاربرد کدام ابزار مشاهده گروه‌های اورتولوگ است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 92-91)

1) COG

2) Taxplot

3) Cn3D

4) DDD

30-کدام ابزار امکان مقایسه توالی موردنظر شما را با توالی‌های موجود در پایگاه‌های اطلاعاتی فراهم می‌کند؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1)COG

2) BLAST

3)Taxplot

4)Cn3D

31-کدامیک به عنوان نرم‌افزاری جهت نمایش نتایج جستجوی BLAST که قبلاً برای همه توالی‌های پروتئینی در بخش داده‌های پروتئین Entrez انجام شده است، به کار می‌رود؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1)Blink

2)SAPS

3)AmiGo

4)EMBOSS

24-سوالات فصل دوم

32-کدامیک به عنوان قالب متنی مورد استفاده برای کارکردن با انطباق‌های توالی چند تایی است؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1)PDF

2)MSF

3)HTML

4) Post Script

33-کدامیک نرم‌افزار مربوط به ایجاد نمودار نقطه‌ای بین توالی‌های بلند پروتئین‌هاست؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1)Dna dot

2) Dot let

3) Dot tup

4) Tax plot

34-کدامیک به منظور مقایسه توالی موردنظر نوکلئوتیدی با بانک اطلاعاتی مربوط به توالی پروتئین به کار می‌رود؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1) tblastx

2) tblastn

3)tblasty

4)tblastm

35-کدامیک از لحاظ کاربرد مشابه BLAST است؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 91-90)

1)MASON

2) FASTA

3)BLOSUM

4) PAM

36-کدام گزینه در ارتباط با انتشار اولین الگوریتم مقایسه توالی پروتئین و DNA صحیح است؟

(سوالات آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 89-88)

1)  توسط Wunsch , Needleman در سال 1970

2) 5 سال قبل از ایمیل

3) همزمان با پیداشدن اینترنت

4) پس از بانک اطلاعاتی پروتئینی Brookhaven

37-کدام گزینه درباره dotplot صحیح نیست؟ (سوالات آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 89-88)

1) تصویر کلی راجع به شباهت توالی‌های pairwise ارائه می‌دهد

2) یک جدول یا ماتریس است

3) رزیدیوهای (Residues) مشابه، نوارهایی شمالی – جنوبی در آن بوجود می‌آورند

4) سطرها با رزیدیوهای (Residues)مربوط به یک توالی و ستون‌ها با رزیدیوهای مربوط به توالی دیگر مطابقت دارند

38-کدامیک کاربرد Blast را مشخص می‌کند؟ (سوالات آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 89-88)

1) مناطق متفاوت را در بین توالی‌‌های پروتئینی می‌یابد

2) مناطق مشابه را در بین توالی‌های نوکلئوتیدی پیدا می‌کند

3) کلیه مناطق بین توالی‌های ژنی و پروتئینی را شناسایی می‌کند

4) کلیه مناطق را در بین توالی‌های نوکلئوتیدی می‌یابد

39-کدامیک ابزاری برای مقایسه ژنوم‌ها براساس پروتئین‌های تولید شده توسط همان ژنوم‌هاست؟

(سوالات آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 89-88)

1) Taxplot

2) Cn3D

3) Splign

4) uniGene DDD

40-کدام اقدام ذیل در پایگاه داده CluSTr میسر نمی‌باشد؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) ارائه داده‌ها برای آنالیز فیلوژنتیک                 2) نگهدای توالی‌های مشابه

3) جستجوی خانواده پروتئین‌های جدید                4) پیش بینی عملکرد یک پروتئین خاص

41-اگر مطلوب باشد که هنگام Alignment دو پروتئین، امتیاز کمتری به پروتئین جهش یافته یا متفاوت اختصاص یابد، بایستی از کدامیک از مارتیس‌های زیر استفاده شود؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) PAM20

2) PAM1

3)PAM100

4)PAM250

42-برای انجام Multiple Alignment در توالی چند پروتئین کدام گزینه مناسب‌تر است؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) PSI-BLAST

2)BLAST

3) FASTA

4)Clustalw

43-در روش «ماتریس- نقطه» تشکیل کدامیک، نشان دهنده یکسان بودن کامل دو رشته پلی پپتیدی می‌باشد؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) صفحه نقاط                                         2) قطر

3) قطر کامل                                          4) حداکثر نقاط

44-مقدار Alignment Score برای حضور 20 نقطه و عدم حضور 4 نقطه با در نظر گرفتن جریمه 5/2 برای حضور دو اسید آمینه غیریکسان در یک جایگاه مورد مقایسه، کدامیک می‌باشد؟ (آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) 90                     2) 70                     3) 16                     4) 10

25-هم ردیفی

45-کدام ماتریس برای تعیین دومین (domin)های مشترک در دو توالی پروتئین‌ هم‌گرا معتبرتر است؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)

1) BLOSUM30

2) BLOSUM80

3) BLOSUM62

4) BLOSUM15

46-روش هم‌ردیفی (alignment) مناسب برای مقایسه توالی‌هایی که از لحاظ تکاملی با یکدیگر نزدیک می‌باشند؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)

1) alignment دوتایی توالی‌ها

2) alignment چندتایی توالی‌ها

3) Local alignment

4) Global alignment

47-مفاهیم Identity, Similarity: (دکتری تخصصی (D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)

1) برای توالی‌های نوکلئوتیدی و توالی‌های آمینواسیدی متفاوت است.

2) برای توالی‌های نوکلئوتیدی هم معنی و برای توالی‌های آمینواسیدی متفاوت است.

3) برای توالی‌های نوکلئوتیدی متفاوت و برای توالی‌های آمینواسیدی هم‌معنی است.

4) برای توالی‌های نوکلئوتیدی و توالی‌های آمینواسیدی هم‌معنی است.

48-در BLAST در کدام‌یک زا موارد ذیل E-value نشان‌دهنده این است که جور شدن توالی‌ها در پایگاه داده‌ها در نتیجه ارتباط بین همولوگ باشد؟ (دکتری تخصصی (D) زیست فناوری پزشکی سال 96-95)

49-کدام‌یک از ماتریس‌های امتیازدهی غیرتکاملی زیر به‌صورت پیش‌فرض برای برنامه Blast استفاده می‌شود؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) PAM50

2) Blosum62

3) Blolsum80

4) PAM250

50-در برنامه BLAST پروتئین BLASTp طول word size به صورت پیش‌فرض چند اسیدآمینه است؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) 5 اسیدآمینه                                         2) 4 اسیدآمینه

3) 3 اسیدآمینه                                         4) 6 اسیدآمینه

51-کدام‌یک از انواع Blast زیر زمان‌بری محاسباتی (Computational) بیش‌تری دارد؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) Blastp

2) Blastx

3) TblastN

4) Tblastx

52-کدام‌یک از گزینه‌های زیر جهت هم‌ترازی ژنوم‌های کامل (Whole- genome multiple alignment) ابزارها و نرم‌افزارهای مناسبی دارد؟ (دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) PROSITE

2) Galaxy

3) Blocks

4) PFAM

53-کدام‌یک از الگوریتم‌های زیر برای هم‌ترازی دو گانه (Pairwise alignment) استفاده می‌شود؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) Clustalw

2) Clustalx

3) MAFFT

4) Dynamic programming

54-کدام‌یک از الگوریتم‌های زیر برای هم‌ترازی دوگانه (Pairwise alignment) به صورت Local برای دو توالی استفاده می‌شود؟ (دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) Dot plot

2) Smith- Waterman

3) Needleman- Wunsch

4) FASTA

55-در مورد Multiple alignment کدام مورد زیر صحیح است؟ (دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) تشابه‌یابی یک سکانس در مجموعه‌ای از سکانس‌ها است.

2) تشابه‌یابی یک سکانس با یک سکانس‌ دیگر است.

3) تشابه‌یابی بین چند سکانس در مقایسه با یکدیگراست.

4) تشابه‌یابی بین چند سکانس در مقایسه با یک سکانس‌ است.

26-سوالات فصل دوم

PAM-56 مخفف چیست؟ (دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) Point Accepted Mutation

2) Pairwise Analogy of Martix

3) Possible Affect in Mutation

4) Probability of Allowed Mutation

E-value-57 در جستجوی Blast چیست؟ (دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) میزان شباهت دو توالی در score

2) میزان حضور Repeatهای تکراری

3) میزان ارزش هم‌سنگی در معیار تکاملی

4) میزان آماری تصادفی نبودن شباهت

58-جستجو با استفاده از سکانس‌ در دیتابیس NCBI برای کدام دسته از مولکول‌های زیر امکان‌پذیر است؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) قندها                   2) لیپیدها                  3) ارگانل‌ها               4) پروتئین‌ها

59-کدام‌یک از انواع Blast توانایی جستجوی یک سکانس پروتئینی به عنوان input یا همان query را دارد؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) BALSTN

2) BLASTX

3) TBLASTN

4) TBLASTX

60-با تغییر پارامتر Blast از PAM30 به PAM70 نتایج جستجو ……… . (دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) تغییر نمی‌کند.                                      2) کم‌ می‌شود.

3) زیاد می‌شود.                                       4) بسته به BLOSUM دارد.

61-برای مطالعه پروتئین‌های حفظ شده (conserved) کدام پارامتر Blast مناسب است؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) PAM بالا و BLOSUM بالا                      2) PAM بالا و BLOSUM پایین

3) PAM پایین و BLOSUM بالا                     4) PAM پایین و BLOSUM پایین

62-مفهوم False Negative در هم‌ترازی سکانس (Sequence alignment) در چه صورت اتفاق می‌افتد؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) وجود همولوژی در سکانس و نتیجه هم‌ترازی برای سکانس‌ها مثبت باشد.

2) عدم وجود همولوژی در سکانس و نتیجه هم‌ترازی برای سکانس‌ها مثبت باشد.

3) وجود همولوژی در سکانس و نتیجه هم‌ترازی برای سکانس‌ها منفی باشد.

4) عدم وجود همولوژی در سکانس و نتیجه هم‌ترازی برای سکانس‌ها منفی باشد.

63-مجموعه الگوریتم‌های زیر از چه نوع هم‌ترازی (Alignment) هستند؟ (دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) Local pairwise

2) Global pairwise

3) Situated pairwise

4) Multiple pairwise

64-مفهوم Iterative approach در هم‌ترازی چندگانه (Multiple alignment) چیست؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) تنوع هم‌ترازی تا ایجاد ساختار مناسب             2) تکرار هم‌ترازی تا حصول نتیجه مطلوب

3) پایش هم‌ترازی به روش معکوس                  4) همبستگی هم‌ترازی به روش فوق توالی

ClustalW-65 برای چه منظوری استفاده می‌شود؟ (دکتری تخصصی (D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) هم‌ترازی توالی با روش Feng و Doolittle

2) هم‌ترازی ساختار با روش PSI- BLAST

3) هم‌ترازی توالی با روش مقایسه E-value

4) هم‌ترازی ساختار با روش X- ray

66-حداقل احتمال جور شدن دو توالی غیرمرتبط نوکلئوتیدی یا آمینواسیدی بدون ایجاد gap به ترتیب از راست به چپ:

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست‌فناوری پزشکی سال 97-96)

1) 5% و 25%             2) 25% و 5%             3) 10% و 40%           4) 40% و 10%

67-کدام گزینه تعریف صحیح پارالوژی می‌باشد؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) توالی‌های همولوگی هستند که در گونه‌های مختلف وجود دارند.

2) توالی‌های همولوگی هستند که در دو گونه‌ نزدیک به هم وجود دارند.

3) توالی‌های همولوگی هستند که در یک گونه وجود دارند.

4) توالی‌های غیرهمولوگ هستند که شباهت زیادی به هم دارند.

27-هم ردیفی

68-در نرم افزار (Protein Blast) Blastp به صورت پیش‌ فرض از چه ماتریس امتیازدهی استفاده می‌شود؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) PAM50

2) PAM120

3) Blosum30

4) Blosum62

69-روش همترازی چندگانه Expresso (multiple alignment) از کدام نوع روش‌های همترازی چندگانه می‌باشد؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) روش‌های پیش‌رونده (Progressive)               2) روش‌های تکرار شونده (iterative)

3) روش‌های مبتنی بر ساختار                         4) روش‌های مبتنی بر داده‌های تکاملی

70-در برنامه TblastN داده ورودی چیست و چند بار دیتابیس جستجو می‌شود؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) پروتئین -6 بار                                     2) DNA -6 بار

3) پروتئین -3 بار                                     4) DNA -3 بار

71-کدام گزینه ورژن سریع و اکتشافی (Heuristic) روش همترازی دو گانه Smith-Waterman می‌باشد؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) ClustalW

2) FASTA

3) DiAlign

4) Dot plot

72-الگوریتم BLAST مبتنی بر کدام یک از موارد زیر است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) توالی‌یابی براساس تشابه کلی

2) تشابه‌یابی توالی براساس قطعات

3) همسان سازی توالی براساس شباهت Boolean

4) امتیازدهی به ساختار دوم و سوم پروتئین

E-value-73 با مقادیر بالا حاکی از چه پدیده‌ای در BLAST است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) تشابه زیاد دو توالی

2) تشابه نامتقارن دو توالی

3) تشابه نامتجانس دو توالی

4) تشابه کم دو توالی

74-قطعات با پیچیدگی کم (Low Complexity Regions) در BLAST چگونه عمل می‌کنند؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) باعث افزایش دقت می‌شوند.

2) باعث اختلال در BLAST می‌شوند و بهتر است فیلتر شوند.

3) همانند توالی‌های معمولی عمل می‌کنند.

4) بستگی به نوع Database دارد.

PAM-75 در سیستم BLAST چیست؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) نوعی سیستم امتیازدهی به تشابه توالی‌ها براساس فاکتورهای هومولوژی است.

2) بررسی تفاوت آماری دو توالی است.

3) به کارگیری تشابه آنالوگ در سیستم امتیازدهی است.

4) مخفف Polyclonal Analogous Mutation است.

76-در تکنیک همترازی چندگانه (Multiple Alignment) کدام صحیح است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) تشابه‌یابی یک توالی در مجموعه بانک اطلاعاتی

2) تشابه‌یابی در بین توالی

3) تشابه‌یابی در بین توالی‌های یک مجموعه انتخابی

4) تشابه‌یابی یک توالی در یک مجموعه انتخابی

28-سوالات فصل دوم

77-کدام‌یک از گزینه‌های زیر درباره همترازی دو توالی پروتئینی صحیح است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) دو توالی که 40% شباهت دارند حتماً هومولوگ هستند.

2) دو توالی که 20% شباهت دارند قطعاً هومولوگ نیستند.

3) دو توالی که 50% شباهت دارند حتماً عملکرد زیستی یکسانی دارند.

4) دو توالی که 25% شباهت دارند ممکن است هومولوگ باشند یا نباشند.

78-ماتریس PAM250 چگونه محاسبه شده است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) با محاسبه تعداد جهش‌هایی که بین 250 موجود زنده مختلف مشترک بوده است.

2) از طریق PAM1 و با رساندن این ماتریس به توان 250

3) با استفاده از 500 گروه از همترازی‌های محلی پروتئین‌های مختلف که در پایگاه داده BLOCKS آمده است.

4) از روی شباهت فیزیکوشیمیایی اسیدهای آمینه

79-اگر نمودار شباهت نقطه‌ای (dotplot) دو توالی به صورت زیر باشد، درباره این دو توالی چه نتیجه‌ای می‌توان گفت؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) در یکی از دو توالی، تکرار وجود دارد.

2) دو توالی شباهت بسیار زیادی دارند.

3) یکی از دو توالی، معکوس توالی دیگر را شامل می‌شود.

4) دو توالی هیچ شباهتی به یکدیگر ندارند.

80-کدام‌یک از گزینه‌های زیر در مورد E-value در روش BLAST صحیح است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) E-value در BLAST دقیقاً مشابه P-value در الگوریتم اسمیت- واترمن است.

2) E-value می‌تواند مقادیر بزرگ‌تر از 10 هم داشته باشد.

3) E-value می‌تواند مقداری دقیقاً مساوی صفر به خود بگیرد.

4) E-value به طول توالی بستگی ندارد.

81-تفاوت PAM و BLOSUM در نمره‌دهی نتایج BLAST چیست؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) PAM نگرش براساس آنالوژی دارد.

2) Blosum نگرش بر مبنای هومولوژی دارد.

3) PAM نمره‌دهی را با در نظر گرفتن تشابه هومولوژی انجام می‌دهد.

4) Blosum آنالیز آماری را در نظر می‌گیرد.

82-برای انطباق (alignment) دو توالی با 80% اسیدهای آمینه یکسان، کدام ماتریس نمره‌دهی، مناسب‌تر است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست‌فناوری میکروبی سال 97-96)

1) PAM1

2) PAM8

3) PAM25

4) PAM200

83-کدام گزینه ارتولوگ‌ها را تعریف می‌کند؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست‌فناوری میکروبی سال 97-96)

1) توالی‌های همولوگ در یک گونه که عملکرد مشابهی دارند.

2) توالی‌های همولوگ در گونه‌های مختلف که ژن اجدادی مشترک دارند.

3) توالی‌های همولوگ در یک گونه که از دو تایی شدن ژن‌ها حاصل شده‌اند.

4) توالی‌های همولوگ که اسیدهای آمینه مشابه کمی دارند اما شباهت ساختاری زیادی دارند.

29-هم ردیفی

84-مقدار E-value کوچک‌تر از یک آستانه برای تعیین همولوگ بودن در برنامه BLAST استفاده می‌شود. این مقدار چقدر است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست‌فناوری میکروبی سال 97-96)

85-ترتیبی که بر طبق آن برنامه Clustalw توالی‌ها را به یک انطباق چندگانه اضافه می‌کند چگونه تعیین می‌شود؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست‌فناوری میکروبی سال 97-96)

1) درصد شباهت

2) یک درخت فیلوژنیک

3) ارگانیسم‌هایی که توالی‌ها از آن‌ها گرفته شده‌اند.

4) ترتیبی که توالی‌ها در برنامه وارد شده‌اند.

30-سوالات فصل دوم

31-هم ردیفی