1-به منظور تعیین ارتباط عملکرد بین پروتئین‌ها مناسب‌ترین روش: (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1393)

1) تشخیص دمین‌ها (Domains) بر اساس الگوریتم‌های دوتایی توالی‌ها

2) جستجو در بانک‌های اطلاعاتی BLAST یا FASTA

3) تشخیص موتیف‌ها (motifs) و دومین‌ها (Domains) بر اساس الگوریتم‌های چندتایی توالی‌ها

4) مقایسه پروتئین‌ها بر اساس تشابهات کلی توالی‌ها با استفاده از الگوریتم‌های فیلوژنتیکی Clustring

2-در پیش بینی و فهم عملکرد یک پروتئین کدام یک از نواحی زیر حائز اهمیت بیشتری می باشد؟

(دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) نواحی با حضور اسیدآمینه های محافظت شده

2) نواحی با حضور اسیدآمینه های بسیار متغیر

3) نواحی با تجمع حضور اسیدآمینه های باردار یا آروماتیک

4) موارد 1 و 2

3-در مطالعات توالی های پروتئینی در پایگاه اطلاعات PROSITE: (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) الگو همان پروفایل است                            2) الگو بخشی از پروفایل است

3) پروفایل جزئی از الگو است                        4) الگو و پروفایل ارتباطی با یکدیگر ندارند

4-در یک پروژه، هدف شناسائی مناطقی ازیک پروتئین است که در عملکرد آن نقش مهمی دارند. کدامیک از تکنیک‌های بیوانفورماتیک ذیل را بدین منظور توصیه می کنید؟ (دکتری بیوتکنولوژی پزشکی سال 1392)

1) انطباق توالی چندتایی                                   2) مقایسه دوتایی از طریق انطباق منطقه ای

3) مقایسه دوتایی از طریق انطباق سرتاسری         4) مقایسه دوتایی از طریق نمودار نقطه ای

5-کدام‌یک از توالی‌های زیر می‌تواند نمونه‌ای از موتیف G-[AC]-x-{RHK}-x3-C در PROSITE باشد؟

(کنکور وزارت علوم 93 رشته بیوتکنولوژی میکروبی)

1) GAARCCC

2) GCCHACAC

3) GAAAACAC

4) GHHRHHHC

6-کدامیک از بانک‌های اطلاعاتی، خانواده پروتئین‌ها را براساس پروفایل طبقه‌بندی می‌کند؟

(سوالات آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 89-88)

1)PROSITE

2) PRINTS

3) Pfam

4)PhenomicDB

7-داده‌ها در کدام پایگاه اطلاعات پروتئینی براساس مدل مخفی مارکوف (HMM) ذخیره می‌شود؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1)PROSITE

2) PFAM

3) PROFIES

4) PRINTS

62-سوالات فصل چهارم

PROSITE-8 پایگاه داده‌ای از خانواده‌های پروتئینی و دومین‌ها می‌باشد که:

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) توالی پروتئین را از Swiss-Prot تهیه می‌نماید.

2) انرژی برهم کنش پروتئین‌ها را از Swiss-Prot تهیه می‌نماید.

3) توالی پروتئین‌ها را تعیین می‌نماید.

4) انرژی بر هم کنش پروتئین‌ها را تعیین می‌نماید.

9-انجام کدامیک از موارد زیر، به انجام عملیات بیوانفورماتیکی وابستگی بیشتری دارد؟

(آزمون دکتری پروتئومیکس سال تحصیلی 88-87)

1) سنجش مقدار پروتئین                               2) شناسایی پروتئین

3) تعیین میزان فعالیت پروتئین                        4) مطالعه غیرطبیعی شدن پروتئین

10-کدام‌یک از دیتابیس‌های زیر بر مبنای نتایج هم‌ترازی چندگانه (Multiple alignment) ایجاد شده است؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) ENSEMBL

2) PFAM

3) EST

4) OMIM

11-در مورد Domain پروتئین کدام گزینه‌ صحیح است و در چه دیتابیسی موجود است؟

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست پزشکی سامانه‌ای سال 96-95)

1) یک مجموعه از ساختارهای آلفا می‌باشد و در دیتابیس PFAM قابل دستیابی است.

2) زیرمجموعه ساختار سوم بوده و دارای عملکرد مستقل می‌باشد و در دیتابیس CDD قابل دستیابی است.

3) زیرمجموعه ساختار سدوم بوده و دارای ساختار مستقل می‌باشد با در نظری حضور بتا و در دیتابیس PDB قابل دستیابی است.

4) متشکل از دو Motif است و دارای زیرواحدهای مجزا می‌باشد و در دیتابیس NCBI قابل دستیابی است.

PRINTS-12 ابزاری است برای:

(دکتری تخصصی (Ph.D) زیست‌فناوری پزشکی سال 97-96)

1) تشخیص ژن در توالی‌های ژنومی

2) پیش‌بینی ساختمان سوم یک پروتئین

3) پیش‌بینی عملکرد یک ژن جدید

4) تشخیص دومین (Domain)ها و موتیف‌های عملکردی

13-کدام عبارت در مورد Domain های پروتئین صحیح است؟

(آزمون دکتری تخصصی (Ph.D) رشته زیست پزشکی سامانه‌ای سال 97-96)

1) قطعاتی از پروتئین که عملکرد مشابه داشته و مستقلاً می‌توانند ساختار خود را حفظ کنند.

2) تکه‌های تاشونده که به شکل دیگر قابل تبدیل می‌باشند.

3) قطعاتی از پروتئین که دارای عملکرد مشابه هستند.

4) تکه‌هایی از پروتئین که دارای ساختار مشابه هستند.

63-کلاسیفیکیشن دمین‌های پروتئینی